Многие историки Санкт-Петербурга отмечают, что несомненная ценность этой постройки состоит в том, что это единственная сохранившаяся церковь в городе знаменитого архитектора Константина Тона. Во время гонений советской власти на церковь в городе на Неве были снесены такие церкви, построенные Константином Тоном, как:
— собор Петра и Павла лейб-гвардии Уланского полка в Петергофе,
— храм Пресвятой Богородицы на Загородном пр.,
— церковь Святого Митрофания Воронежского на Митрофаньевском кладбище,
— красивейшая церковь во имя Святого мученика Мирония лейб-гвардии Егерского полка на Рузовской улице,
— церковь Святой мученицы Екатерины в Екатерингофе,
— церковь Ольги равноапостольной в лагере лейб-гвардии Конного полка в Красном Селе,
— церковь Благовещения Пресвятой Богородицы при лейб-гвардии Конном полку возле Новой Голландии.
Как мы видим больше изумительных по своей красоте и уничтоженных советской властью церквей были при уланских, егерских и конных полках.
Сам же архитектор Константин Тон, один из главных архитекторов эпохи императора Николая I поразил современников разносторонними знаниями в архитектуре, поэтому был привлечен во множество знаковых проектов, таких как: гранитная пристань с сфинксами, конструкция шпиля из металла колокольни Петропавловской крепости, доходные дома, здание Московского вокзала и Лесного института, Сад Академии художеств, Гимназия Человеколюбивого общества, реконструкция Оружейной Палаты и устройство дворца Московского Кремля, строительство Храма Христа Спасителя в честь победы в Отечественной войне 1812 года, воссоздание Колокольни Ивана Великого, постановка статуи Георгия Победоносца в Кремле. Это далеко не полный список, но очень впечатляющий.
Спасо-Преображенская церковь на Аптекарском острове была заложена в 1840 году Константином Тоном на небольшое число прихожан: 300-350. Для строительства был насыпан небольшой холм. Строительство длилось до сентября 1845 года, когда прихожанам явилась чудесная и небольшая храмовая постройка в русско-византийском стиле. Росписями храма занимались видные художники: автор шедевра «Последний день Помпеи» Карл Павлович Брюллов, знаменитый русский художник, первый о котором заговорили в Европе как о носителе школы рисования. Брюллов нарисовал евангелистов в парусах и 2 иконы в трёхъярусном иконостасе «Божья Матерь» и «Спаситель». В создании других образов принимал участие живописец-академик Василий Кондратьевич Сазонов. Внешние барельефы фасада мастерски исполнили скульпторы-рисовальщики — Николай Александрович Рамазанов и Михаил Григорьевич Крылов.
В 1873 году церковь стала при Гренадерском полку и сюда были перенесены из другой церкви чтимые полковые иконы 18 века- Казанской Божией Матери и Св.Себастиана, при храме находилось приходское братство, которое содержало детский приют.
В Период реакции советской власти на Церковь она была закрыта в апреле 1930 года, интерьер подвергся варварской порче, часть интерьера переделана , а небольшие, но очень красивые купола снесены. До недавнего времени в искалеченном советской властью церкви находилась электрофизическая лаборатория.